W krużgankach klasztoru od jakiegoś czasu trwają prace konserwatorsko-restauracyjne, które mają na celu przywrócić ich pierwotny charakter. Na przestrzeni 300 lat istnienia były one wielokrotnie przemalowywane. W 2010 roku podczas prac w klasztorze zostały uczynione odkrywki i okazało się, że pod wieloma warstwami farb, w całych krużgankach znajdują się freski. Przez wiele lat nie było możliwości, aby krużganki zostały poddane specjalistycznym pracom konserwatorskim, bowiem w pierwszej kolejności należało przeprowadzić konieczne i niezbędne prace wewnątrz świątyni. W ostatnich latach w kościele odrestaurowano pięć fresków, w tym dwa Michała Anioła Palloniego, przywrócono pierwotny charakter i estetyczny wygląd ścian oraz poddano pracom posadzkę kamienną z wapienia szwedzkiego.
Prace, które już się rozpoczęły mają na celu:
- powstrzymać proces destrukcji zabytkowej materii dzieła;
- przywrócić parametry techniczne zabytku;
- przywrócić należne walory estetyczne i artystyczne obiektu;
- trwale zabezpieczyć obiekt przed procesami destrukcji.
Poczynione dotychczas prace pokrótce odsłaniają tajemnice, jak wyglądały krużganki, kiedy w klasztorze posługiwali zakonnicy. Fragmentaryczne odkrywki pokazują, ciekawą architekturę i zarazem rozbudzają wyobraźnię, jak mógł wyglądać kiedyś klasztor i jak będzie wyglądał po zakończonych pracach. Bez wątpienia, krużganki nabiorą nowego charakteru, będą bogatsze o stare poddane pracom konserwatorsko-restauracyjnym architektoniczne detale. Dotychczas oprócz architektonicznych detali, odsłonięto dwa freski przy wejściu na prezbiterium, a także bliżej nieokreśloną ornamentykę na jednej ze ścian. To ostatnie odkrycie dodatkowo rodzi pytanie: czy po krużgankach, była możliwość chodzenia dookoła, jak dotychczas uważano?
Prowadzone prace są możliwe dzięki wsparciu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach projektu „Prace ratunkowo-konserwatorskie polichromii ściennej w krużganku dawnego klasztoru O. Reformatów, I poł. XVIII w. z kościoła pw. św. Piotra z Alkantary i św. Antoniego z Padwy w Węgrowie (Etap I)”. Wiceminister Kultury i Dziedzictwa Narodowego prof. dr hab. Magdalena Gawin, podczas wizyty w węgrowskim klasztorze 9 maja, zapoznała się ze stopniem zaawansowania prac konserwatorskich wyrażając uznanie wobec podjętych dotychczas działań.
